1929年，天津，警察厅厅长儿子廖盛辉被一神秘人牵扯进一个精心布好的迷局，指引他一步步去探寻14年前圣南孤儿院大火所掩藏的秘密，一批来历不明的敦煌文物，一件震惊全市的连环毒杀案，共产党、国民党、日本人、北洋军阀等多方势力都介入这场迷局展开角斗。 廖盛辉的解谜之路困难重重，他面对的是强有力的对手——心思缜密的国民党特工曾家扬、身手不凡的日本忍者郁子。随着谜题逐步解开，日本人和国民党的罪恶目的暴露无遗，可真相却让廖盛辉难以承受：他和曾家扬、郁子都是当年孤儿院的伙伴。最终分属不同阵营的三人携手共同抗敌，却无奈遭到失败。1937年抗战全面爆发，已经成长为坚定的共产主义战士的三人再度重逢，他们携手走上了抗日救亡的新战场。

1927年广州415反革命政变后，中共地下党韩氏夫妇英勇牺牲，失散的三个孩子各自被普通百姓人家收养，老大进了药铺当学徒，老二成了厨师，老三是女儿，成了粤剧演员，他们在各自师父培养下，成长为行业的翘首，正当他们找到了杀害父母的仇人准备报仇时，抗战爆发，广州沦陷，三个人的命运也发生了巨大变化，老大与日本药商展开了长达七年的斗争，保卫中药药方不至于流失，最后在对抗日军细菌武器时献出生命。老二拒绝当汉奸，远走香港发扬粤菜，事业成功时又回到广州，跟哥哥一起拯救百姓。三妹率领戏班投身为抗战义演，同时继续精进粤剧艺术，在残酷的生活和美丽的剧中世界寻找平衡。直到抗战结束，三兄妹都坚持了民族气节，把各自的技艺发扬传承。

在官场摸爬滚打多年的马向阳（吴秀波 饰），虽然只是商务局市场科的一个小科长，却早已熟稔官场避实就虚、虚与委蛇的生存法则和太极推手。谁知突如其来的一纸调令，却将他从优哉游哉的城市达到了作为重点扶贫对象的穷乡僻壤。他从一位科长摇身一变成为大槐树村第一书记，但是这顶乌纱帽可真不那么好戴，从没有过乡村工作经验的他束手无策，不明所以，而当面对学识渊博且实践经验丰富的种植专家周冰（王雅捷 饰）、凭借血缘宗族关系在当地享有极高声望的族长刘世荣（李洪涛 饰） 性格泼辣的留守妇女代表李云芳（梁爱琪 饰）等不同身份之人的时候，许多问题似乎变得更不好解决。　　肩负着领导殷勤期望的马书记，能否升任这一新的岗位呢？

1950年，大业初定，但在新中国的边陲狼烟仍未散去，境外势力蠢蠢欲动，时刻蓄谋颠覆新政权。在这关键时刻，中国人民解放军总参谋部接到一份绝密情报，国民党军统特务机关高官陈荃（舒耀瑄 饰）意欲投诚，而他随身携带的3份绝密文件关系着新中国乃至整个中华民族的命运。为了护送陈荃安全抵京，总参谋部命令陆超（王新军 饰）带领他的7人小分队前往广西边陲接应。与此同时，得知消息的军统也派出暗杀小组追踪陈荃。 在这充满艰险的护送之旅上，陆超和战友不得不与来自台湾的杀手展开连番搏斗。一场攸关祖国命运的暗战慢慢拉开了序幕……

本剧将延续《家有爹娘》第一部的整体风格，继续讲述王家三世同堂的情感故事。该剧以贴近百姓生活、反映当下社会现状，展示普通人婚姻状况和家庭情感的现实生活为出发点，通过表现价值观念与生活背景迥异的两代人对生活各自不同的态度，显示出极强的现实意义。 王家二媳妇田一的怀孕重新点燃了王起孟（张炬饰）抱孙子的希望，全家人为小生命的到来积极做着准备，然而两代人对怀孕的不同想法也造成了不少误会。随着一个漂亮孙女的诞生，王起孟却郁闷得病倒了……侯淑云（严敏求饰）和王起孟商量，想让前大儿媳刘颖、孙女兰兰、外孙女小桃早日结婚，为他们生个男孩续接香火。 英俊洒脱、才华出众的服装设计师王学兵（张智尧饰）欣赏公司女老板刘颖（朱琳饰）的气质和美丽，穷追刘颖。刘颖犹豫再三，终于鼓起勇气接受这份难得的爱情。当他们就要宣布结婚时，刘颖却发现自己的女儿兰兰一直暗恋王学兵。母女俩爱上同一个男人，令她们陷入感情的痛苦煎熬中，也让王家上下闹翻了天。经过一段时间痛苦的折磨，兰兰和刘颖都把对方的幸福看成是自己最大的幸福，刘颖拒绝了王学兵的爱情，兰兰则决定同男友秦海订婚。在兰兰和秦海的订婚仪式上，王起孟兴奋地催兰兰快要孩子，可是秦海却回答他不想要孩子……